(1) výber zariadenia. Pri výbere farmaceutického zariadenia existujú určité problémy, ako napríklad výber na základe skúseností (bez skutočného výpočtu alebo s nedostatočným výpočtom údajov), slepá snaha o pokrok a nedostatočné skúmanie fyzikálnych údajov, ktoré vážne ovplyvňujú praktickosť a hospodárnosť zariadenia.

(2) inštalácia zariadení a školenie. V procese inštalácie farmaceutických zariadení sa často venuje pozornosť postupu výstavby, pričom sa ignoruje kvalita výstavby, čo vedie k zvýšeniu nákladov na údržbu zariadení v neskoršom období. Okrem toho nedostatočné školenie personálu údržby a prevádzky zariadení predstavuje riziko aj pre správu a údržbu farmaceutických zariadení.

(3) nedostatočné investície do riadenia a údržby informatizácie. V súčasnosti, hoci mnohé podniky prikladajú veľký význam riadeniu a údržbe zariadení, ako aj riadeniu záznamov o údržbe zariadení a zaznamenávaniu základných parametrov a vykonaným prácam, stále pretrvávajú určité problémy, ako napríklad ťažkosti s poskytovaním údajov o údržbe a nedostatok efektívnych informácií o špecifikáciách farmaceutických zariadení, ako sú špecifikácie, výkresy atď., čo neviditeľne zvyšuje náročnosť riadenia, údržby a rekonštrukcie zariadení.

(4) systém riadenia. Chýba efektívny systém a metódy riadenia, čo má za následok nedostatočné riadenie personálu údržby farmaceutických zariadení, nedostatok štandardizácie práce personálu údržby, riadenie farmaceutických zariadení a proces údržby ponecháva skryté bezpečnostné riziká.